提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
习近平贺信肯定中新社坚持为侨服务 引海外侨胞热议******
中新社北京9月26日电 (记者 冉文娟)七秩芳华,中新社向海外侨胞发出了一封封及时、温暖的“家书”;岁月更替,中新社以侨为桥,搭建中国与世界沟通的桥梁。
9月23日,中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平致信祝贺中国新闻社建社70周年。连日来,贺信在海外华侨华人中引发热烈反响。
习近平在贺信中肯定中新社建社70年来“坚持为侨服务”。对此,旅居匈牙利30多年的中东欧中医药学会会长陈震深有感触,他称中新社是陪伴自己海外生活的“老朋友”。
“早年间信息相对匮乏,在海外获取祖(籍)国的准确消息不易。中新社的新闻报道让我们及时了解中国最新动态,打开了一扇窗。”陈震说,这些年中新社的新闻产品越来越丰富,但“为侨服务”的初心不改,始终关注着华侨华人的生存境遇,为侨胞权益发声,建设“精神家园”。
“尤其是新冠疫情发生以来,中新社多次报道侨胞抗击疫情、同舟共济的故事,为华侨华人在住在国抗疫注入正能量,带来信心和力量。”陈震说。
“多年来中新社是我在美国关注最多的媒体之一,每每看到中新社报道,都会有一种特别的亲切感。”美国犹他州韦伯州立大学终身教授乐桃文说,不论是向纸媒提供文图稿件,还是拓展网络报道,再到近些年的微信公众号等新媒体平台,中新社的新闻产品都令人印象深刻。
乐桃文说:“几十年来,中新社一直关注着侨胞,心贴着侨胞,团结、服务侨胞,深受大家喜爱与推崇。”
习近平肯定中新社为“讲好中国故事、传播好中国声音”发挥了积极作用,并希望中新社为“推动中外文明交流、民心相通作出新的更大贡献”。
“中新社的报道展现了伦敦唐人街的繁荣发展,提升了在英华侨华人形象,促进了中英两国友好交流。”英国伦敦华埠商会主席邓柱廷说,中新社以多种方式关注和报道一年一度的伦敦华埠新春庆典,提升了活动影响力,也加深了英国民众对中华文化的了解和喜爱。
他表示,伦敦华埠商会未来将继续发挥好桥梁和纽带作用,传播中华文化,推动中英两国人文交流,“诚挚希望能和中新社一起努力,为两国友好注入更多正能量”。
“中新社的报道平实、接地气,在海外读到尤其亲切。”韩中文化友好协会会长曲欢说,期待中新社未来挖掘更多韩中两国友好交流的故事,增进彼此了解,推动两国民众情感共鸣,心灵相通。
在当前百年变局的新形势下,海外华侨华人作为跨文化人群,其桥梁纽带作用进一步凸显。澳大利亚澳华文联主席、悉尼华星艺术团团长余俊武致力于推动中华文化的本土化传播,艺术团创作的许多文艺作品在中新社旗下的“侨宝”客户端平台展示,得到了广泛的传播。
他说,“中新社搭建的平台,助力我们更好地传播中华文化,也鼓励我们探索创新,深挖中华文化经典中与时俱进的创新价值,推出更多优秀作品服务当地。”(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)